Główne zagrożenia dla przedmiotów ochrony na obszarach Natura 2000 objętych projektem LIFE.VISTULA.PL:

• zaniechanie lub zmiana użytkowania stawów hodowlanych;
• likwidacja wysp na stawach i wycinanie zakrzewień;
• likwidacja szuwarów i roślinności wodnej na stawach,
• niszczenie brzegów wysp z koloniami ptaków przez falowanie wody, powodujące
• zmniejszenie powierzchni siedliska lęgowego.zmiana przeznaczenia stawów z hodowlanych na stawy rekreacyjne;
• składowanie odpadów górniczych w dolinach rzek;
• drapieżnictwo ze strony zwierząt tak jak: lis, dzik, szop pracz, norka amerykańska, jenot;
• różne formy aktywności i wypoczynku powodujące płoszenie ptaków i zmniejszenie
• sukcesu lęgowego m.in. wędkarstwo, kajakarstwo, motolotniarstwo, jeżdżenie quadami, rekreacja na zbiornikach wodnych;
• polowania prowadzone sierpniu w obrębie kompleksów stawów hodowlanych, mogące powodować przypadkowe zabicie ptaków, ranienie, płoszenie czy straty w lęgach w przypadku przebywania młodych ptaków na stawach.